PhD-stipendium i antifungal resistens ved fødevare–miljøgrænsefladen - DTU Fødevarer

Antimikrobiel resistens er ikke kun et bakterielt problem. Antimykotisk resistens er en voksende trussel mod menneskers sundhed, men vi ved stadig bemærkelsesværdigt lidt om forekomst og spredning af resistente svampe i fødevareproduktion og tilhørende miljøer, eller hvad disse reservoirer betyder for menneskelig eksponering og folkesundheden. Kan du lide laboratoriearbejde lige så meget som kommandolinjen, og vil du hjælpe med at udvikle en ny One Health-overvågningsramme? Så slut hos os hos DTU National Food Institute.

I dette ph.d.-projekt vil du undersøge antifungalt resistens ved fødevare-miljø grænsefladen, ved at kombinere svampeudskydning og sårbarhedstestning med genomik, bioinformatik og kvantitativ risikovurdering. Du vil undersøge, hvordan resistente svampe opstår og spreder sig i fødevareproduktionsmiljøer, undersøge den genomiske basis for antifungal resistens, og hjælpe med at omsætte overvågningsdata til estimater af menneskelig eksponering og folkesundhedspåvirkning.

Du vil have reel indflydelse på den videnskabelige retning af projektet og hjælpe med at omsætte ny viden til evidens, der kan understøtte offentlige sundheds- og fødevaresikkerhedsråd.

Du vil blive vejledt af et tværfagligt team, der samler ekspertise inden for antimikrobiel resistens, mikrobiologisk genomik, bioinformatik og maskinlæring, kvantitativ risikovurdering og byrdeforholdsmønstre.

Ansvar og kvalifikationer

Dit overordnede fokus vil være at generere ny viden om antifungal resistens ved fødevare–miljø grænsefladen og vurdere dens relevans for folkesundheden. Du vil være tilknyttet Forskningsgruppen for Global Capacity Building, tæt samarbejde med Forskningsgruppen for Risk-Benefit, og arbejde i både vådt og tørt laboratorium gennem hele projektet. Dine primære opgaver vil være:

• Indsamle prøver og isolere og karakterisere svampe fra fødevarer og fødevareproduktionsmiljøer, inklusive antifungal sårbarhedstest
• Generere og analysere helgenomsekvensdata for at undersøge antifungal resistens og genomisk epidemiologi i prioriterede svampepatogener, særligt Aspergillus fumigatus og Candida spp.
• Analysere komplekse mikrobiomdata, herunder metagenomiske data hvor relevant
• Anvende statistiske og maskinlæringsmetoder til at undersøge genotype–fenotype-relations og forudsige antifungal resistens ud fra genomiske data
• Bidrage til probabilistiske eksponerings- og risikovurderingsmodeller, der kobler overvågningsdata til folkesundhedspåvirkning
• Kommunikere din forskning gennem publikationer og konferencer, bidrage til videnskabelige råd, undervisning og medvejledning af bachelor- og kandidatstuderende

Vi søger en nysgerrig og motiveret kandidat, som er interesseret i at arbejde på tværs af eksperimentel mikrobiologi og beregningsanalyse. Du behøver ikke være ekspert i alle aspekter af projektet, når du starter, men du bør være entusiastisk omkring at udvikle færdigheder på både vådt og tørt laboratorium. Du har:

• En kandidatgrad i mikrobiologi, molekylærbiologi, bioteknologi, bioinformatik, beregningsbiologi eller et relateret felt
• Erfaring med bioinformatik og sekvensanalyse, herunder analyse og fortolkning af biologiske sekvensdata
• Erfaring med kommandoliniecomputing, for eksempel i et Linux-miljø
• Erfaring med scripting eller statistisk programmering i et sprog som Python eller R
• Nogle praktiske erfaringer fra mikrobiologisk laboratoriearbejde, f.eks. mikrobiell dyrkning, isolering eller fenotypisk karakterisering, sammen med interesse i at videreudvikle disse færdigheder
• En forståelse for eksperimentelt design og grundlæggende statistisk dataanalyse
• God skriftlig og mundtlig engelsk og evnen til at arbejde både selvstændigt og i samarbejde

Erfaring med et eller flere af følgende vil være en fordel, men ikke et krav: fungal mikrobiologi, antimikrobiel eller antifungal sårbarhedstestning, helgenomsekvensering, metagenomik, mikrobiom genomik, maskinlæring eller kvantitativ risikovurdering.

I dit ansøgningsbrev bedes du beskrive din erfaring med laboratorie- og beregningsarbejde, og hvad der interesserer dig ved at kombinere disse tilgange i dette projekt.

Du skal have en toårig kandidatuddannelse (120 ECTS-point) eller en tilsvarende grad med akademisk niveau svarende til en toårig kandidatuddannelse.

Godkendelse og indskrivning

Ph.d.-stipendiet er underlagt akademisk godkendelse, og kandidaten vil blive indskrevet på et af DTU's generelle kandidatuddannelsesprogrammer. For information om vores indskrivningskrav og den generelle planlægning af Ph.d.-uddannelsen, se venligst DTU's regler for Ph.d.-uddannelsen.

Vurdering

Ansøgningerne vil blive vurderet af Joana Mourão, Sara Monteiro Pires og René S. Hendriksen.

Vi tilbyder

DTU er et førende teknisk universitet på globalt plan anerkendt for fremragende forskning, uddannelse, innovation og vidensrådgivning. Vi tilbyder en givende og udfordrende stilling i et internationalt miljø. Vi stræber efter akademisk fortjeneste i et miljø præget af kollegial respekt og akademisk frihed afbalanceret med ansvar.

Løn og ansættelsesvilkår

Ansættelsen vil være baseret på overenskomsten med Dansk Ingeniørforening. Se venligst DTU’s lønstruktur for videnskabeligt personale: www.inside.dtu.dk/en/human-resources/during-employment/salary/salary-structures

Ansættelsesperioden er 3 år.

Startdato er 1. januar 2027 (eller efter gensidig aftale). Stillingen er fuldtidsstilling.

Du kan læse mere om karriereveje på DTU her.

Yderligere information

Yderligere information kan fås fra hovedvejlederen, Joana Mourão ([email protected]), eller medvejlederne, Seniorforsker Sara Monteiro Pires ([email protected]) og Professor René S. Hendriksen ([email protected]).

Læs mere om Forskningsgruppen for Global Capacity Building og Forskningsgruppen for Risk Benefit på https://orbit.dtu.dk/en/organisations/research-group-for-global-capacity-building/ og https://orbit.dtu.dk/en/organisations/research-group-for-risk-benefit/.

Du kan læse mere om DTU National Food Institute på www.food.dtu.dk/english

Hvis du ansøger fra udlandet, kan du finde nyttig information om at arbejde i Danmark og hos DTU på DTU – Moving to Denmark. Desuden har du mulighed for at deltage i vores månedlige gratis seminar “PhD relocation to Denmark and startup Zoom seminar” for alle spørgsmål vedrørende praktiske forhold ved at flytte til Danmark og arbejde som PhD ved DTU.

Ansøgningsprocedure

Din komplette onlineansøgning skal være indsendt senest 21. oktober 2026 (kl. 23:59 dansk tid) .

Ansøgninger skal indsendes som én PDF-fil , der indeholder alt materiale, der skal vurderes. For at ansøge, åbn venligst linket