Ph.d.-stipendium i beregningsbaseret modellering af protein og næringsstoffers biotilgængelighed i mikrobielle fødevarer - BRIGHT

Er du fascineret af, hvordan den mad vi spiser, former vores microbiom og metaboliske sundhed? Begejstret over udsigten til at afklare, hvor næringsrig mikrobiel mad er? Iver efter at arbejde i et banebrydende, tværfagligt forskningsmiljø, der tackler store udfordringer i fødevare-systemet? Så slut til os som vores nye ph.d.-studerende i beregnende modellering af protein- og næringsbioavailability hos mikrobielle fødevarer!

Denne stilling hører til BRIGHT’s Microbial Foods-mission. Du vil hjælpe med at udvikle beregningsværktøjer til at forudsige den ernæringsmæssige værdi af alternative proteiner og næringsstoffer. Vores mål er at forudsige, hvor godt et protein eller en mikrobiel fødevare fordøjes, absorberes og assimileres hos mennesker, så fødevarer kan tilpasses til en nærende og bæredygtig kost uden at gå på kompromis med smag og tekstur.

Du vil bygge den beregningsmodel, der står i kernen af vores mission, ved at kombinere protein-sproglige modellens embeddings med ernæringsmæssig sammensætning, proteomik- og metabolomikdata til et multimodal AI/ML-system, der forudsiger fordøjelighed og biotilgængelighed af proteiner samt biotilgængeligheden af mikronæringsstoffer og fødevareafledte bioaktive stoffer. Stillingen er fuldt computational, og du vil arbejde sammen med et talentfuldt team af videnskabsfolk, der producerer in vitro- og kliniske data, som vil træne og validere din model.

Ansvar og kvalifikationer

Ansvar

•

Gennemgå den nyeste viden om proteinbioavailability, der dækker fordøjelse, absorption og assimilering, med fokus på mikrobielle fødevarer

•

Opbygge en multimodal AI/ML-model, der forudsiger proteinfordøjelighed og biotilgængelighed, ved at kombinere embeddings fra protein-sprogmodeller med ernæringsdata og benchmarke imod DIAAS og ileal fordøjelighedsdata sets

•

Skabe og kuratere en database af udvalgte mikrobielle fødevarer, f.eks. Yarrowia lipolytica og Aspergillus-arter

•

Modelere proteolytisk fordøjelse og absorptionen af peptider og aminosyrer og små molekyler, herunder transporter-medieret optag

•

Teste og finjustere modellen mod proteomik- og metabolomikdata for enkelte mikrobielle proteiner og hele mikrobielle celler

•

Genoptimme modellen med in vitro/ fordøjelsesdata og med kliniske forsøgsdata udarbejdet af vores eksperimentelle partnere

•

Anvende modellen til den beregnede redesign af mikrobielle fødevarer for forbedret biotilgængelighed og udgive den som et open-source værktøj

•

Rapportere dine forskningsresultater i peer-reviewede videnskabelige publikationer og internationale konferencer

•

Samarbejde inden for BRIGHT samt i vores lokale, nationale og internationale netværk

•

Formidle dine resultater gennem videnskabelige publikationer, offentlig formidling og sociale medier

•

Undervise og vejlede MSc- og BSc-studerende

Kvalifikationer

•

MSc i bioinformatik, beregningsbiologi, maskinlæring, datalogi, fødevarevidenskab eller et relateret område

•

Avanceret programmeringserfaring i Python

•

Erfaring med maskinlæring, herunder deep learning-rammeværk som PyTorch

•

Fremragende engelsk færdighed i skrift og tale

•

Fremragende kommunikations- og sociale færdigheder til arbejde i et tværfagligt forskningsmiljø

•

Stærke analytiske evner og evne til at arbejde selvstændigt

Foretrukne kvalifikationer, men ikke obligatoriske

•

Erfaring med protein-sprogmodeller eller anden sekvensbaseret repræsentationslæring

•

Fortrolighed med proteindigestion, ernæring eller fødevarevidenskab, herunder metrikker som DIAAS og PDCAAS

•

Erfaring med proteomik- eller metabolomikdata

•

Erfaring med data-kuratering og opbygning af strukturerede databaser, samt interesse i open-source softwareudvikling

Du skal have en toårig kandidatuddannelse (120 ECTS-point) eller en tilsvarende grad med et akademisk niveau svarende til en toårig kandidatuddannelse.

Godkendelse og indskrivning

Andet ph.d.-stipendium er underlagt akademisk godkendelse, og kandidaten vil blive indskrevet på en af DTU’s generelle kandidatuddannelser. For information om vores indskrivelseskrav og den generelle planlægning af PhD-studieprogrammet, se venligst DTU’s regler for PhD-uddannelsen .

Vi tilbyder

DTU er et førende teknisk universitet globalt anerkendt for ekspertisen inden for forskning, uddannelse, innovation og videnskabelig rådgivning. Vi tilbyder et meningsfuldt og udfordrende job i et internationalt miljø. Vi stræber efter faglig excellence i et miljø præget af kollegial respekt og akademisk frihed afstemt af ansvar.

Løn og ansættelsesvilkår

Ansættelsen vil være baseret på overenskomsten med Akademikernes Centralorganisation. Se venligst DTU’s lønstruktur for videnskabeligt personale: www.inside.dtu.dk/en/human-resources/during-employment/salary/salary-structures

Ansættelsesperioden er 3 år. Stillingen er fuldtids.

Den foretrukne opstartsdato er 1. april 2027 (eller tidligere efter gensidig aftale).

Du kan læse mere om karriereveje hos DTU her .

Yderligere information

Yderligere information kan fås af Carlos Acevedo-Rocha: [email protected]

Flere oplysninger om BRIGHT: https://bright.dtu.dk/

Hvis du ansøger fra udlandet, kan du finde nyttige oplysninger om at arbejde i Danmark og hos DTU på DTU – Moving to Denmark . Desuden har du mulighed for at deltage i vores månedlige gratis seminar “ PhD relocation to Denmark and startup “Zoom” seminar ” for alle spørgsmål vedrørende praktiske forhold ved at flytte til Danmark og arbejde som PhD ved DTU.

Søgningsprocedure

Din fulde online ansøgning skal være indsendt senest 30. november 2026 ( kl. 23:59 dansk tid).

Ansøgninger skal indsendes som én PDF-fil, der indeholder alle materialer til overvejelse. For at ansøge, venligst åbn linket "Apply now", udfyld online ansøgningsskemaet og vedhæft alle dine materialer på engelsk i én PDF-fil. Filen skal indeholde:

• Et motiveret brev (cover letter)
• Curriculum vitae
• Karakterudskrifter og BSc/MSc-diplom (på engelsk) inklusive officiel beskrivelse af karaktergivningsskalaen

•

Et anbefalingsbrev med referentens e-mail og telefonnummer

Du må ansøge, før du har opnået din kandidatgrad, men kan ikke begynde før end at have modtaget den.

Ansøgninger modtaget efter deadline vil ikke blive taget i betragtning.

Alle interesserede kandidater uanset alder, køn, handicap, race, religion eller etnisk oprindelse opfordres til at ansøge. Da DTU arbejder med forskning i kritisk teknologi, som er underlagt særlige regler for sikkerhed og eksportkontrol, kan Open-source baggrundstjek foretages på kvalificerede kandidater til stillingen.

BRIGHT Mission 2: Microbial Foods

BRIGHT Mission 2 har til formål at opbygge en AI-drevet ramme for rationel design af mikrobielle fødevarer, der opfylder fire mål: forbrugeraccept, sundhed, bæredygtighed og skalerbarhed. Den første fase fokuserer på to svampebaserede chassis, Aspergillus og Yarrowia, og karakteriserer mere end 500 prototyper gennem multi-omics, sensorisk analyse, livscyklusvurdering og sikkerhedstest. Forudsigende modeller for smag, tekstur, ernæring og proces-skalaopbygning trænes iterativt gennem aktiv læring.

Det videnskabelige omfang spænder fra stammeingeniørkunst, adaptiv laboratorieudvikling, fast- og flydende tilstand fermentering, sensorisk og forbrugerforskning samt præklinisk og klinisk vurdering af sikkerhed, biotilgængelighed og kardiometabolisk sundhed i samarbejde med nationale og internationale partnere.

BRIGHT – Novo Nordisk Fonden Bioteknologiforskningsinstitut for den Grønne Omstilling

BRIGHT – Novo Nordisk Fonden Bioteknologiforskningsinstitut for den Grønne Omstilling (BRIGHT) er et stort initiativ baseret på DTU, der har til formål at fremskynde udviklingen af biosolutions og styrke den bio-baserede økonomi. BRIGHT fungerer som et knudepunkt for faglige og industrielle partnere, der arbejder sammen for at udløse potentialet i bioproduktion.

BRIGHT fokuserer på tre hovedområder: Bæredygtige materialer (udvikling af biobaserede alternativer til fossilt oprindelige materialer), Mikrobiel mad (innovation i fødevareproduktion gennem mikrobielle teknologier) og Mikroorganismer til netto-nul landbrug (løsninger til at reducere drivhusgasudledninger i landbruget).

Målet er at udvikle og skalere innovative biosolutions inden for disse områder og således skabe bæredygtige og konkurrencedygtige alternativer til fossildrevne produkter og processer, der kan bidrage væsentligt til reduktion af globale drivhusgasudslip.

DTU – Til gavn for samfundet siden 1829

DTU er et af Europas førende elite-tekniske universiteter. Gennem forskning og uddannelse på internationalt topniveau skaber vi løsninger på samfundets store udfordringer i vores tid og bidrager til Europas globale førerposition inden for bæredygtig teknologisk udvikling. Siden Hans Christian Ørsted grundlagde DTU for næsten 200 år siden, har vores mission været den samme: Vi udvikler og skaber værdi gennem naturvidenskaberne og tekniske videnskaber til samfundets gavn.

DTU har 13.800 studerende, 1.600 ph.d.-studerende og 6.500 medarbejdere. Vi arbejder i et internationalt miljø og har en inkluderende, stimulerende og uformel arbejdskultur. DTU har campusser i hele Danmark og i Grønland og samarbejder med de bedste universiteter verden over.